目前我国FCM应用领域主要集中在下列方面(在此仅列出部分代表项目)：(1)免疫学领域：淋巴细胞亚群检测，用以评估机体的免疫状态、辅助疾病如AIDS/HIV的诊断等，是目前各医疗单位开展和应用最广泛的项目。(2)血液学领域：主要是血液系统疾病的免疫分型及白血病微小残留病变(minimal residual disease，MRD)监测，用于血液系统疾病的诊断、治疗评估和复发监测。FCM的细胞免疫分型是国际公认的诊断造血细胞疾病必不可少的重要标准之一，是目前被广泛接受和认可的免疫分型方法^[7,8]。(3)临床肿瘤学：主要是DNA倍体和细胞周期分析，了解细胞DNA倍体和增殖能力，异常倍体的出现意味着DNA合成的异常，可能是肿瘤或是癌前病变发生的重要标志。(4)造血干细胞移植的应用：足够数量的造血干细胞是造血干细胞移植成功的关键因素之一，通过CD34标记和细胞计数微球同时使用，或者具有计数功能的流式细胞仪是鉴定和计数造血干细胞的快速、准确、定量的方法。

FCM质量管理包括有效性控制、质量控制、能力验证、标准操作流程的文件管理、人员培训评估、质量提升等^[27]。由于FCM具有多参数的特点，从标本采集、处理到上机、分析是一个连续的过程，检测标本的采集运输与保存、流式细胞仪的校准与性能、所选择试剂的质量和搭配、人员的素质等都直接影响着检测结果的质量^[28,29]。

目前，我国关于FCM的一些建议和标准在不断的涌现，如《流式细胞术检测外周血淋巴细胞亚群指南》(WS/T-360-2011)^[30]，《流式细胞术临床应用的建议》^[31]，《CD34阳性细胞绝对计数的流式细胞术测定指南》^[32]。但是，我国FCM的质量管理还处在起步阶段，卫生部临检中心和上海市临检中心的室间质评仅包含部分检测项目^[28]；尚无专门的机构对人员进行培训和认证；未形成全国统一的标准化检测流程和参考范围，缺乏可比性等。这些都是FCM质量管理应用发展中面临的问题。