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重组蛋白表达技术可用于多种下游应用，包括基因调控分析、蛋白结构及功能分析、蛋白质间相互作用分析等。对于特定的应用，使用正确的蛋白表达系统是实验成功的重要因素。在选择蛋白表达系统时，所需考虑的最重要因素是功能性、可溶性、速度及得率等。上海一研依托深厚的国际资源背景、经验丰富的留美科研人员和专业的蛋白表达、纯化技术，可提供基于原核、酵母、昆虫杆状病毒、哺乳动物细胞等多种蛋白表达系统的毫克至百克级高纯度蛋白定制服务。
四种蛋白表达系统的优缺点：
| 蛋白表达系统 | 优点 | 缺点 |
| 原核表达系统 | 时间短 | 无翻译后修饰 |
| 比较便宜 | 一些蛋白不能很好的折叠 | |
| 放大过程简单 | 蛋白分泌量少 | |
| 很好的表征遗传学 | ||
| 酵母表达系统 | 适度快速表达 | 需要使用酵母分泌信号肽 |
| 很好表达胞内蛋白和分泌蛋白 | 安全性还需提高 | |
| 比较便宜 | 具有与典型的哺乳动物蛋白不同的N－联聚糖结构 | |
| 大部分蛋白都能进行折叠和翻译后修饰 | ||
| 昆虫杆状病毒表达系统 | 适度快速表达 | 比较贵 |
| 很好表达胞内蛋白、膜蛋白和分泌蛋白 | 难以放大 | |
| 大部分蛋白都能进行折叠和翻译后修饰 | 具有与典型的哺乳动物蛋白不同的N－联聚糖结构 | |
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哺乳动物细胞表达系统 （瞬时表达） |
适度快速表达 | 比较贵 |
| 很好表达膜蛋白和分泌蛋白 | 胞内蛋白产量低 | |
| 所有蛋白都能进行折叠和最真实的翻译后修饰 | ||
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哺乳动物细胞表达系统 （稳定表达） |
很好表达膜蛋白和分泌蛋白 | 比较贵 |
| 所有蛋白都能进行折叠和最真实的翻译后修饰 | 周期长 | |
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