结合单细胞基因组学和计算机技术，一个研究团队（包括来自杰克逊实验室（JAX）单细胞生物学主任Paul Robson博士在内）鉴定出了11种结直肠癌肿瘤的癌细胞组成及邻近的非癌细胞，这对于更好的肿瘤靶向诊断和治疗很重要。
肿瘤基因组测序的进步促进了肿瘤亚型的分类，引导了更精确的癌症治疗，提高了病人生存率。然而肿瘤通常由一系列肿瘤细胞和肺肿瘤细胞组成，这些细胞都促进了肿瘤的生物学发展。
“使用单细胞测序。”JAX科学家、这篇发表在Nature Genetics上的文章共同第一作者Elise Courtois说道，“我们可以根据肿瘤中的细胞组成将结直肠癌进一步分类。因为每种亚型的肿瘤病人生存率存在差别，我们的方法将为肿瘤医生提供更多的关于肿瘤预后和治疗的信息。”
迄今为止，肿瘤基因表达都是通过大转录组方法进行表征，提供的信息代表了许多种类细胞的表达状况。通过使用单细胞转录组分析技术，研究人员现在可以将肿瘤组织分成不同的成分进行分析，因此能够更深入地了解背后复杂的生物学机制。
Robson和论文共同通讯作者Shyam Prabhakar（新加坡基因组研究所计算生物学家）、Iain Beehuat Tan（新加坡国家癌症研究中心临床肿瘤学医师）一起领导了这项研究，他们通过单细胞RNA测序技术分析了从结直肠癌及其周围组织随机选择的626个细胞，并采用计算机通过新算法检测每个细胞的转录组。研究人员发现了两种独特的肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）。这些CAFs显著地促进了间质细胞基因组表达，这通常与一个叫做上皮间充质转化的癌细胞过程相关。他们的数据显示CAFs可能导致结直肠癌病人预后更差。